Η Sky Express εκτελεί πτήσεις σε 32 προορισμούς εσωτερικού: Αθήνα, Σαντορίνη, Μύκονο, Αλεξανδρούπολη, Αστυπάλαια, Ζάκυνθο, Ηράκλειο, Θεσσαλονίκη, Ικαρία, Ιωάννινα, Κάλυμνο, Κάρπαθο, Κάσο, Κέρκυρα, Κεφαλλονιά, Κύθηρα, Κω, Λέρο, Λήμνο, Μήλο, Μυτιλήνη, Νάξο, Πάρο, Πρέβεζα, Ρόδο, Σάμο, Σητεία, Σκιάθο, Σκύρο, Σύρο, Χίο, Χανιά.