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Secondo lo studio degli scavi archeologici, si presume che Samos fosse abitata già durante il Neolitico, nel III millennio a.C. I primi coloni dell'isola furono i Pelasgi, i Fenici, i Lelegi e i Cari. A questi coloni succedettero i Micenei. Samos divenne una grande potenza nel VI secolo aC quando fu governata dal tiranno Policrate, che trasformò l'isola in un'enorme potenza navale. Sotto il suo governo fiorirono le arti e le scienze e furono costruiti il tunnel di Eupalinos e il magnifico Heraion. La storia di Samos è stata segnata da diversi personaggi famosi, come l'astronomo Aristarco, il primo a sostenere che il sole fosse il centro dell'universo, il filosofo Epicuro, il mitografo Esopo e il famoso matematico Pitagora. Durante la battaglia di Platea (479 a.C.), i Sami aiutarono Atene a vincere e successivamente si allearono con essa con il ritorno alla democrazia. Samos prese parte alla battaglia di Mycale e con il resto della marina greca sconfisse la flotta persiana. Durante le guerre del Peloponneso, l'isola fu occupata dagli Spartani. Passò poi sotto il dominio dei Romani, dei Veneziani e dei Genovesi. Nel 1453 Samos passò sotto il dominio turco. Gli abitanti dell'isola hanno svolto un ruolo importante durante la rivoluzione greca contro i turchi nei primi anni venti dell'Ottocento. Tuttavia, le Grandi Potenze restituirono l'isola ai Turchi nel 1830, rendendola semi-autonoma e governata da un principe cristiano. Samos si riunì con il resto della Grecia solo nel 1912, dopo le guerre balcaniche. Oggi l'economia dell'isola si basa sul turismo, l'agricoltura e la pesca.
