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Archäologischen Ausgrabungen zufolge wird angenommen, dass Samos bereits in der Jungsteinzeit, im 3. Jahrtausend v. Chr., besiedelt war. Die ersten Siedler der Insel waren die Pelasger, die Phönizier, die Leleger und die Karer. Später folgten die Mykener. Samos wurde im 6. Jahrhundert v. Chr. zu einer Großmacht, als es von dem Tyrannen Polykrates regiert wurde, der die Insel in eine große Seemacht umwandelte. Unter seiner Herrschaft blühten die Künste und Wissenschaften auf, und es wurden der Tunnel des Eupalinos und das prächtige Heraion erbaut. Die Geschichte von Samos wurde von so einigen berühmten Persönlichkeiten geprägt, wie z.B. dem Astronomen Aristarchos, der als erster behauptete, dass die Sonne das Zentrum des Universums sei, dem Philosophen Epikur, dem Fabeldichter Äsop und dem berühmten Mathematiker Pythagoras. In der Schlacht von Plataiai (479 v. Chr.) verhalfen die Samier Athen zum Sieg, verbündeten sich dann mit den Athenern und kehrten somit zur Demokratie zurück. Samos nahm auch an der Schlacht von Mykale teil und besiegte mit dem Rest der griechischen Flotte die Perser. Während der Peloponnesischen Kriege wurde die Insel von den Spartanern besetzt. Danach kam sie unter die Herrschaft der Römer, der Venezianer und der Genueser. Im Jahr 1453 geriet Samos unter die Herrschaft der Türken. Die Inselbewohner spielten eine wichtige Rolle in der griechischen Revolution gegen die türkische Besatzung in den frühen 1820er Jahren. Die Großmächte gaben die Insel jedoch 1830 an die Türken zurück, wodurch sie einen halbautonomen Status erlangte und von einem christlichen Prinzen regiert wurde. Nach den Balkankriegen wurde Samos schließlich 1912 mit dem Rest Griechenlands wiedervereinigt. Heutzutage beruht die Wirtschaft der Insel auf dem Tourismus, der Landwirtschaft und der Fischerei.